Lịch sử Học Viện gắn bó với lịch sử Tỉnh Dòng Tên Việt Nam và thăng trầm theo dòng lịch sử đất nước. Sau hơn 150 năm vắng bóng, các tu sĩ Dòng Tên trở lại Việt Nam năm 1957. Vài năm sau, song song với việc quản trị và giảng dạy tại Giáo Hoàng Học Viện Thánh Piô X, Đà Lạt, các thừa sai Dòng Tên cũng dần dần thiết lập cộng đoàn Học Viện để duy trì việc huấn luyện trong Dòng, và Học Viện được đặt dưới sự bảo trợ của Thánh Giuse.
Trong thập niên 1960 và đầu 1970, Học Viện Dòng Tên có trụ sở tại Đà Lạt. Các tu sĩ Dòng Tên học triết học tại Đại Học Đà Lạt và thần học tại Giáo Hoàng Học Viện Pio X. Sau 1975, Học Viện được dời về Thủ Đức, Sài Gòn và việc học được tiếp tục bảo đảm trong khi cố gắng thích nghi với hoàn cảnh xã hội mới. Các sinh hoạt trí thức của Học Viện được giản lược tối thiểu trong những năm 1980. Từ sau 1996, việc huấn luyện và học tập tại Học Viện được khôi phục và cải thiện. Năm 2006, Dòng Tên Việt Nam khởi công xây dựng lại cơ sở mới tại Thủ Đức, với khu vực cộng đoàn của các học viên, khu vực dành cho giáo sư, phòng học, thư viện, nhà nguyện cũng như hội trường. Cha Bề Trên Cả Peter-Hans Kolvenbach đã làm phép Học Viện khi ngài viếng thăm Tỉnh Dòng vào năm 2007. Chương trình Nhân văn-Triết học và thần học cũng được nâng cấp về đội ngũ và chương trình giảng dạy. Thư viện và cơ sở vật chất được đầu tư nhiều hơn, đáp ứng những đòi hỏi học thuật trong Giáo Hội và những nhu cầu ngày càng lớn, với số lượng học viên tăng dần.
Ngày 23 tháng 01 năm 2018, Bộ Giáo Dục Công Giáo đã chấp thuận thử nghiệm việc liên kết giữa Học Viện Thánh Giuse Dòng Tên với Trường Thần Học Loyola (Loyola School of Theology - LST), phân khoa thần học của Dòng Tên tại Manila, với quyền cấp bằng cử nhân thần học (STB). Chương trình Nhân văn-Triết học của Học Viện cũng được công nhận rộng rãi nơi các trung tâm đào tạo khác trong Giáo Hội Việt Nam và quốc tế. Sau 5 năm liên kết đào tạo, ngày 13 tháng 01 năm 2023, quy chế của Học Viện được Tòa Thánh chuẩn nhận và Học Viện chính thức trở thành Cơ sở Giáo dục Cấp cao của Giáo Hội (Ecclesiastical Institution of Higher Education), trong tình trạng liên kết với LST.
Tọa lạc trong một khuôn viên rộng và thoáng đãng, bên cạnh văn phòng Giám Tỉnh, nhà hưu Tỉnh Dòng và giáo xứ Hiển Linh, Học Viện Thánh Giuse Dòng Tên hiện tại có những cơ sở giảng dạy mới được tân trang vào năm 2020, với ban huấn luyện Dòng Tên, các giáo sư cơ hữu của Tỉnh Dòng và nhiều giáo sư thỉnh giảng trong và ngoài nước. Thư viện mang tên nhà sử học Dòng Tên Giuse Đỗ Quang Chính cũng được đưa vào hoạt động, phục vụ cho học viên của Học Viện cũng như bạn đọc bên ngoài. Học Viện hôm nay có hơn 150 học viên triết học và thần học gồm nhiều thành viên từ Tỉnh Dòng Tên Việt Nam, các Dòng tu khác và giáo dân.
Trong tương lai, Học Viện Thánh Giuse Dòng Tên hy vọng sẽ có cơ sở mới tốt hơn để đáp ứng các chương trình đào tạo triết và thần, nhắm đến nhiều nhu cầu khác nhau của dân Chúa và cộng đồng xã hội.