Cùng với Dòng Tên quốc tế và Tỉnh Dòng Việt Nam, Học Viện Thánh Giuse Dòng Tên hưởng ứng sứ mạng đặc biệt mà Đức Giáo Hoàng, vị Đại Diện Chúa Kitô trao cho Dòng, để phục vụ Giáo Hội trong thế giới hôm nay. Sứ mạng này được thể hiện qua Bốn (4) Ưu tiên Tông đồ Phổ quát mà tất cả các thành viên, các cơ sở của Dòng cũng như tất cả các cộng tác viên và những người sống tinh thần của Thánh Inhaxiô cùng chia sẻ và hướng đến:
Dẫn đường đến với Thiên Chúa ngang qua Linh Thao và phân định;
Liên đới với những người nghèo, những người bị ruồng bỏ trong thế giới, những người mà nhân phẩm bị xúc phạm, trong sứ mạng hoà giải và công bình;
Đồng hành với người trẻ trong việc tạo dựng một tương lai tràn đầy hy vọng;
Cộng tác trong việc chăm sóc ngôi nhà chung của chúng ta.
Những ưu tiên tông đồ này sẽ được cụ thể hóa trong định hướng và các hoạt động nghiên cứu, giảng dạy, học tập và xuất bản của Học Viện trong những năm sắp tới, như một phần trong tổng thể kế hoạch tông đồ của Tỉnh Dòng Tên Việt Nam trong thập niên 2020-2030.